Este programa está orientado a aquellos ministros interesados en adquirir una buena formación en el campo de los estudios misionológicos. El alumno comparte los tres primeros seminarios con el programa de teología práctica y luego toma seis materias relacionadas con su especialización. Este programa es ideal para aquellos que tienen un llamado al campo de misiones o ya están sirviendo como misioneros.

La Maestría en Estudios Transculturales demanda la elaboración de una tesis de un mínimo de 20.000 y un máximo de 25.000 palabras, según el formato establecido por la Facultad de Teología, para la graduación del alumno.