La Facultad de Teología nació del deseo de los egresados del Instituto de Superación Ministerial (ISUM) de continuar superándose. A petición de ellos, el Servicio de Educación Cristiana de las Asambleas de Dios estudió la posibilidad de ofrecer cursos avanzados.

Se tuvo muy en cuenta la situación general del alumno para definir la forma en que se ofrecerían los estudios. Se consideró la economía del estudiante, la facilidad para ausentarse de su ministerio por un período corto, y la posibilidad de conseguir profesores ambulantes que tuvieran por lo menos una maestría en su esfera de enseñanza. El estudio de la propuesta, bajo la supervisión del finado misionero Byron Niles, resultó favorable y, por su recomendación, el SEC presentó el proyecto ante la quinta sesión plenaria reunida en la Ciudad de Panamá, Panamá, en octubre de 1985.

El primer módulo de estudios (llamado entonces seminario) de la Facultad de Teología se realizó en Moravia, Costa Rica, en mayo de 1988. Participaron los profesores Floyd Woodworth y Esteban Warner, junto con el primer rector Samuel Balius y el decano de entonces Denis Rivera.

La Facultad celebró su primera graduación el 15 de mayo de 1992 en San José, Costa Rica.